O projeto, inicialmente denominado "Minibibliotecas do Semi-Árido", foi elaborado e aprovado no final de 2003, com o objetivo de levar informações geradas ou adaptadas pela Embrapa a agricultores familiares e pequenos agricultores.

Integrante das ações da Embrapa junto ao Programa Fome Zero do Ministério do Desenvolvimento Social e Combate à Fome (MDS), buscava atender a cinco municípios localizados no Semiárido brasileiro cuja parcela da população rural fosse significativa e atendendo prioritariamente os municípios com menor Índice de Desenvolvimento Humano (IDH).

Para desenvolver as atividades editoriais do projeto ''Minibibliotecas do Semi-Árido'' foi constituído um comitê de seleção dos temas e das publicações, e identificada á necessidade de se produzir documentos que pudessem atender, de forma mais objetiva, as ações de disseminação da informação.

Esse comitê, formado por engenheiros agrônomos, veterinários e especialistas em comunicação social e pedagogia das Unidades da Embrapa sediadas na Região Nordeste e da Embrapa Informação Tecnológica, identificou os temas e definiu a elaboração de cartilhas com conteúdo de fácil assimilação, compondo o acervo das Minibibliotecas inicialmete formado de 108 títulos de publicações impressas e 37 títulos de fitas de vídeo.

As localidades beneficiadas pelo projeto "Minibibliotecas do Semi-Árido" foram indicadas pelo MDS. De posse da lista de municípios fornecida pelo ministério, foram visitadas as três maiores escolas de nível médio de cada município e aplicado um questionário no qual se indagava o interesse da escola pelo projeto, seu compromisso com a reserva de espaço de no mínimo 9m² para a instalação da minibiblioteca e a quantidade de alunos residentes na área rural. Escolheu-se, em cada município contemplado, a escola de nível médio com o maior número de alunos residentes ou que possuísse familiares residentes na zona rural.

Nessa primeira fase do Projeto, buscou-se atender aos 18 municípios participantes do projeto "Adaptação e Transferência de Tecnologias para Agricultores Familiares", da Embrapa.

As Minibibliotecas foram inicialmente implantadas em 205 escolas do ensino fundamental e médio distribuídas em oito estados do Semiárido nordestino. Posteriormente, no final de 2004, ocorreu a primeira ampliação com a inclusão de 50 escolas do Vale do Jequitinhonha-MG. A segunda ampliação do Projeto alcançou 44 municípios no Estado do Maranhão, além de atender a mais 160 escolas na região do Semiárido, com os kits de Minibiblioteca.

Em julho de 2006, após duas expansões do Projeto, contabilizavam-se 481 kits de Minibibliotecas distribuídos em 459 municípios atendidos nos Estados de Alagoas, Bahia, Ceará, Maranhão, Minas Gerais (Vale do Jequitinhonha), Paraíba, Pernambuco, Piauí, Rio Grande do Norte e Sergipe.

Ao final de 2006, por meio de convênios estabelecidos com o Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (Incra/GO) e Fundação Banco do Brasil (FBB), outros 70 kits de Minibibliotecas foram entregues a instituições distribuídas pelos Estados de Alagoas, Bahia, Ceará, Goiás, Minas Gerais, Paraíba, Pernambuco, Piauí, Rio Grande do Sul e Tocantins.

Em 2008, em continuidade a essas ações e por meio de um novo convênio celebrado com o MDS, as Minibibliotecas da Embrapa foram expandidas para atender a mais 750 municípios integrantes dos Consórcios de Segurança Alimentar e Desenvolvimento Local (Consads) e dos Centros Familiares de Formação por Alternância (Ceffas), conhecidos como Escolas Famílias Agrícolas (EFAs), Casas Familiares Rurais (CFRs), Escolas Comunitárias Rurais e outras denominações locais, estabelecidos em todo o território nacional. Essas representações são responsáveis pela indicação das escolas atendidas pelo programa e pelo acompanhamento, com a Embrapa, da aplicação dos conteúdos das minibibliotecas em atividades que envolvam a comunidade rural.